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Accampamento della Comisión Corográfica a Yarumito, acquarello di Henry Price
Terza espedizione
Alla stregua di quelle precedenti, anche la terza spedizione si mise in cammino all'inizio di gennaio, questa volta diretta a Ibagué. Proseguì poi velocemente per Mariquita. La meta del viaggio, scrive Schumacher, era il cuore stesso della Nueva Granada, vale a dire, quella vasta regione montuosa che comprendeva le province di Antioquia, Cauca, Córdoba, Mariquita e Medellín. La scalata del Nevado del Ruiz e la misurazione della cordigliera richiese un mese di tempo, al termine del quale Codazzi e i suoi collaboratori passarono a Manizales (12 febbraio 1852). La spedizione si spostò poi verso Nechi, alle fonti del fiume omonimo, e successivamente si diresse a Río Negro. "A Medellín, il punto principale di questo imponente sistema montuoso, i rilevamenti geo-cartografici di Codazzi suscitarono fra la gente un vivissimo interesse, non solo negli ambienti ufficiali ma anche fra i privati cittadini, ragion per cui in questa intelligente città la Commissione ricevette aiuti sostanziosi". A Medellín, inoltre, il cartografo s'imbattè in Tyrrel Moore, un ingegnere inglese ivi stabilitosi da oltre vent'anni, il quale "con una pazienza degna del maggior encomio, a forza di triangolazioni aveva stabilito la posizione geografica di più di 50 paesi":
"[Moore] aveva una gran voglia di conoscere i miei risultati, onde metterli a confronto con i suoi (...) D'altro canto, io pure desideravo ardentemente paragonare i miei rilevamenti con quelli d'un uomo esperto in materia, una possibilità che non mi si era mai presentata da quando lavoro in America."
I calcoli dei due coincidevano alla perfezione, la qual cosa riempì l'inglese d'una gioia tale che "pareva che avesse vinto un terno al lotto". Una volta lasciata Medellín, la Commissione, seguendo il corso del fiume Cauca, avanzò verso Dabeiba, da dove -risalendo lo stesso fiume- raggiunse Santa Fe de Antioquia. Nel mese di luglio, dopo essere passata da Titiribí e avere attraversato la regione aurifera, tornò a Ibague e poi a Bogotá. Il 20 dicembre, Codazzi consegnò alla Secretaría de Relaciones Exteriores i lavori corografici portati a termine nei mesi anteriori, cioè, "tre carte delle province di Antioquia, Córdoba e Medellín con le relative descrizioni geografiche".
Quarta espedizione
Il quarto viaggio, intrapreso all'inizio del 1853, fu uno dei più lunghi ed estenuanti. Negli ultimi tempi, si era ripreso a parlare della possibilità di aprire un canale transoceanico nella regione del Darién, ed in concomitanza era stata accordata una concessione a Edward Cullen, rappresentante della "Società del Canale del Darién". Del progetto di Cullen non se ne fece poi nulla, però si affacciò un piano alternativo, che consisteva nell'ampliare una presunta via di comunicazione fluviale fra l'Atrato e il San Juan. Trentatrè anni prima, lo stesso Codazzi, che aveva attraversato quella zona nel corso della sua missione a Bogotá, aveva annotato:
"[questo istmo] può essere tagliato al fine di mettere in comunicazione il fiume Quibdó con il San Juan, che sbocca nell'oceano Pacifico, e unire attraverso questi due fiumi i due oceani, l'Atlantico e il Pacifico."
Onde verificare l'esistenza e la possibilità di adeguamento di detta via fluviale, nel mese di gennaio del 1853 il cartografo discese il fiume Magdalena fino a Barranquilla, da dove, per via marittima, raggiunse Turbo, nel golfo di Urabá (1º febbraio 1853). Nel corso delle settimane seguenti, si addentrò nel Chocó, e portò a termine uno studio particolareggiato dell'idrografia della regione. Come risultato, dovette ammettere l'impossibilità pratica di aprire un canale navigabile servendosi dei sudetti fiumi.
Toccando Nóvita e Baudó, Codazzi si diresse allora a Buenaventura, per poi spingersi a sud, fino a Tumaco e Barbacoas. Subito dopo, piegò ad oriente verso l'altopiano di Túquerres, che Humboldt aveva definito "il Tibet dell'America del Sud". Fatta una sosta a Pasto, si recò a Popayan, dove effettuò la misurazione del vulcano del Puracé. All'inizio di luglio, la Commissione, seguendo la sponda sinistra del Cauca, visitò Pitayó, Silvia, La Balsa e Cali; poi, spostandosi sulla sponda destra, toccò Buga e Cartago, dove giunse il 2 agosto; infine, di ritorno a Bogotà, attraversò l'altopiano del Quindío.