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Vulcano del Tolima, disegno di Albert Berg
La Comisión si mise in moto il 3 gennaio 1850, dirigendosi verso nord. Fece ritorno a Bogotá sette mesi più tardi, al termine di un periplo che attraverso Chiquinquirá, Vélez, Cimitarra, Socorro, Bucaramanga, Ocaña, Puerto Nacional e Tamalameque la condusse a Cúcuta e a Pamplona. Allo stesso tempo si addentró in una zona selvatica confinante con il Venezuela, tracciò il profilo corografico della provincia del Socorro e studiò il sistema fluviale tributario dell'Orinoco. Mentre si dedicava alla stesura della geografia delle province appena visitate, Codazzi trovò il tempo di redigere degli apuntamientos sulla possibilità di sviluppare insediamenti immigratori nella Nueva Granada (secondo il cartografo, la Sierra Nevada -prospiciente l'oceano Atlantico, in prossimità di Santa Marta- era la regione che meglio si prestava alla colonizzazione europea).
Ad interrompere il lavoro a tavolino, sopravvenne la seconda spedizione (3 gennaio 1851), il cui obbiettivo era l'esplorazione di quella "vasta catena montuosa che si stacca dalla cordigliera Orientale, a sud delle province di Tunja e Tundama, e si estende fino alla valle del fiume Magdalena". La Commissione toccò dapprima il lago di Suesca, Chocontá, Ramiquirí e la laguna di Tota. Indi si diresse a Sogamoso e Gámeza, luoghi di grande interesse archeologico, sui quali Codazzi scrisse pagine di stimolanti osservazioni. Subito dopo, si spinse fino alla sorgente del fiume Chicamocha, da dove proseguì per Soatá. Da lì iniziò l'ascesa del massiccio del Cocuy, spingendosi fino al ghiacciaio che lo sovrasta. Dopo aver misurato l'altitudine della cordigliera dalla più alta delle sue vette, fece ritorno a Soatá. Transitò poi per Santa Rosa de Viterbo e Paipa, passò di nuovo da Sogamoso e fece tappa a Tunja e a Villa de Leiva. Visitò anche Ráquira, il deserto della Candelaria ed il sito della battaglia di Boyacá (decisiva per l'indipendenza della Nueva Granada). Una volta esplorata la regione di Guateque e Somondoco, Codazzi si diresse a Muzo, al fine di raccogliere informazioni di prima mano sui rinomati filoni smeraldiferi di quella zona ed il loro sfruttamento. Da lì, seguendo il corso del Río Negro, giunse a Honda e subito dopo a Bogotá.
Il 5 settembre 1851, il cartografo potè consegnare al Ministero competente una relazione preliminare concernente otto province. Il 27 marzo 1852, il Congresso approvò la sua promozione a colonnello, onde offrire a "un ufficiale di tanto merito una prova dell'apprezzamento con il quale erano stati accolti i primi lavori geografici relativi alle province del Nord". Poi, il giorno 29 dello stesso mese, fu varato un decreto che ne aumentava la paga a 4.800 pesos. Oltre ad offrirgli un'ulteriore "prova di apprezzamento", con l'aumento s'intendeva far rientrare la sua imminente rinuncia. Scriveva Codazzi in quei giorni: "Senza un aumento, mi vedo obbligato ad abbandonare un'impresa che avrei voluto portare a termine con tutte le mie forze, giacchè la mancanza di denaro mi induce a rinunciare ad essa". Non si trattava certamente di avidità. Di lì a poco, Araceli -la moglie dell'esploratore- ricevette una lettera da Río Negro, nella quale il marito le diceva: "Ho letto sulla Gazzetta Ufficiale il decreto varato dal Congresso sugli aiuti alla Commissione Corografica, e autorizzando il Presidente ad aumentare le paghe. Senza un aumento, sarebbe impossibile andare avanti, visto che quest'anno ci rimetterò a dir poco 800 pesos".